Die Malaria tritt auf Sansibar sehr selten auf. Vor einigen Jahren hat die Regierung eine breit angelegte Kampagne im Bereich der Bekämpfung von Stechmücken mit Hilfe von speziellen chemischen Mitteln durchgeführt. Mehrere Ärzte empfehlen jedoch entsprechende Vorsorgemittel, wie zum Beispiel MALARONE. Dieses rezeptpflichtiges Arzneimittel ist bei den Apotheken erreichbar und wird insbesondere bei der Reise nach Landtansania empfohlen. Unter den Ärzten gibt es auch, solche, die antimalarische Arzneimittel erst nach der Erkrankung empfehlen. Daher ist es vor der Reise empfehlenswert, den Arzt für Tropenmedizin zu besuchen.

Verschiedene antimalarische Medikamente sind auf Sansibar ohne Rezept zu kaufen, ohne Problem kann man auch einen Malaria-Schnelltest durchführen. Shamshu Pharmacy in Stone Town ist eine der Apotheken, die über eine wirklich breite Arzneimittelpalette verfügt.  Seit kurzem gibt es auch eine gut ausgestattete Apotheke in Kiwengwa, nur 3 km vom Hotel entfernt.

Sowohl während des Aufenthalts auf dem Lande als auch auf der Insel, lohnt es sich Repellents zu verwenden, für die Nacht Moskitonetze zu schließen, nach dem Sonnenuntergang entsprechende Bekleidung in hellen (keinen grellen) Farben zu tragen sowie Parfüm und Kosmetika mit süßem Blüteduft zu vermeiden.